Может ли работодатель мне отказать в оплате за совмещение временного отсутствующего работника?

По общему правилу работа по совмещению подлежит оплате, равно как и любая другая (ст. 130 ТК РФ).
Однако если при заключении трудового договора по основной должности (или подписании должностной инструкции, являющейся неотъемлемой частью трудового договора) стороны (работник и работодатель) придут к соглашению, что в период отсутствия на рабочем месте другого работника со схожей трудовой функцией основной работник исполняет обязанности отсутствующего работника, то такое совмещение оплачиваться не будет. На это указал Минздравсоцразвития РФ в Письме от 12.03.2012 № 22-2-897.
Работнику можно только порекомендовать внимательнее читать подписываемые документы.